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次世代シークエンサーDRY解析教本 (日本語) 単行本 – 2019/12/12

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商品の説明

内容紹介

大人気商品が最新情報に対応してパワーアップ!
次世代シークエンサー(NGS)において、プログラミングの未経験者や初学者でも
データ解析を実践するツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介。
コマンド未経験者・初学者でも, Mac 1台でデータ解析が可能!

【著者紹介】
清水厚志[岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門]
坊農秀雅[ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)]

【目次】
●Level 1(準備編)
・Macの買い方
・コマンドラインの使い方
・共通基本ツールの導入方法
・3分で学ぶGitHubの使い方〜作成したプログラムをオープンソースで公開する〜
●Level 2(実践編)
・0から始める疾患ゲノム解析ver2
・0から始める発現解析ver2
・0から始めるエピゲノム解析(ChIP-seq)ver2
・0から始めるエピゲノム解析(BS-seq)ver2
・0から始めるメタゲノム解析
・0から始めるバクテリアゲノム解析
・0から始める動物ゲノムアセンブリ
・0から始めるトランスクリプトームアセンブル解析
・CWL(Common Workflow Language)があれば, DRY 解析はもう怖くない
●Level 3(応用編)
・ゲノムブラウザー風の可視化をRの基本作図関数を組み合わせて実現する
・臨床検査値と疾患の遺伝的相関ネットワーク図
・等高線散布図によるDNAメチル化の比較
・特定のGO term がアノテーションされた遺伝子群の発現差の可視化
・LocusZoomプロット:連鎖不平衡情報とともにゲノムワイド関連解析のシグナルを可視化する
・遺伝子近傍のDNAメチル化レベルを可視化する
・複数の染色体配列間の相同性を可視化する(安藤俊哉)
・メタ16S シークエンスの各サンプルから得られた細菌叢組成の差を主座標分析・クラスター分析により可視化する

著者について

清水厚志[岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門]
坊農秀雅[ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)]


登録情報

  • 単行本: 384ページ
  • 出版社: 学研プラス; 改訂第2版 (2019/12/12)
  • 言語: 日本語
  • ISBN-10: 478090983X
  • ISBN-13: 978-4780909838
  • 発売日: 2019/12/12
  • 梱包サイズ: 23.6 x 18.4 x 2.7 cm
  • おすすめ度: 5つ星のうち 5.0 1 件のカスタマーレビュー
  • Amazon 売れ筋ランキング: 本 - 9,469位 (本の売れ筋ランキングを見る)
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1件のカスタマーレビュー

2019年12月21日
形式: 単行本Amazonで購入
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