ちょっと値が張るので第1版は買わなかったのですが
第2版が出たのを機会に買って見ました。
第1版を持っていないので
第1版からの改訂箇所について具体的な確認はできませんが
第2版の「はじめに」に書いてあることからすると
コンセプト自体は第1版を踏襲しているようですが
内容自体はほぼ刷新されているようです。
目次を開くといきなりMacの買い方から始まって
作ったものは須らくGitHubで公開すべし
という教えに続くだなんて最高です。
とても研究者向けの解説書とは思えませんが、
実はこれが一番大事なことかも知れません。
中身についてはおよそこの領域の知識がなさそうな
一般人にやってもらうという
キワモノ的な構成(でも非常に面白いし役に立つし、そして何よりも研究者ではない自分でも(ある程度のスペックの)Macさえあれば出来そうな気にさせられます)に目が行ってしまいがちですが、
専門の先生のきちんとした解説もちゃんと載っています
(でも専門の先生の話はやはり難しいです)。
でも数式は全くなしで(UNIX(mac OS)のコマンドラインはひたすら出てきますが)プログラムのソースコードも出て来ないので読んでいて頭が痛くなることはなさそうです。
Level 3では本物の学術論文の解説まで載っているので
Macの使い方も分からないあなたでも
最後まで読めば一端の研究者に(気分だけは)成れること請け合いです(でもLevel 3は流石に難しいかも)。
そんなわけで星5つは揺るぎませんが、この偉大な本に一点の翳りがあるとしたら、１箇所だけ「多重検定補正」という統計用語が出てくる(p.127)ことですかね(自分は多重検定がわからないので)。
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商品の説明
内容紹介
大人気商品が最新情報に対応してパワーアップ!
次世代シークエンサー(NGS)において、プログラミングの未経験者や初学者でも
データ解析を実践するツールのインストール方法、コマンドラインの使い方といった基本知識とスキルを紹介。
コマンド未経験者・初学者でも, Mac 1台でデータ解析が可能!
【著者紹介】
清水厚志[岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門]
坊農秀雅[ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)]
【目次】
●Level 1(準備編)
・Macの買い方
・コマンドラインの使い方
・共通基本ツールの導入方法
・3分で学ぶGitHubの使い方〜作成したプログラムをオープンソースで公開する〜
●Level 2(実践編)
・0から始める疾患ゲノム解析ver2
・0から始める発現解析ver2
・0から始めるエピゲノム解析(ChIP-seq)ver2
・0から始めるエピゲノム解析(BS-seq)ver2
・0から始めるメタゲノム解析
・0から始めるバクテリアゲノム解析
・0から始める動物ゲノムアセンブリ
・0から始めるトランスクリプトームアセンブル解析
・CWL(Common Workflow Language)があれば, DRY 解析はもう怖くない
●Level 3(応用編)
・ゲノムブラウザー風の可視化をRの基本作図関数を組み合わせて実現する
・臨床検査値と疾患の遺伝的相関ネットワーク図
・等高線散布図によるDNAメチル化の比較
・特定のGO term がアノテーションされた遺伝子群の発現差の可視化
・LocusZoomプロット:連鎖不平衡情報とともにゲノムワイド関連解析のシグナルを可視化する
・遺伝子近傍のDNAメチル化レベルを可視化する
・複数の染色体配列間の相同性を可視化する(安藤俊哉)
・メタ16S シークエンスの各サンプルから得られた細菌叢組成の差を主座標分析・クラスター分析により可視化する
他
著者について
清水厚志[岩手医科大学 いわて東北メディカル・メガバンク機構 生体情報解析部門]
坊農秀雅[ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)]
登録情報
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