『プロローグ』で筆者の三瀬氏は、現在の人類はさまざまな危機に直面しているが、医学の分野でも二つの大変に大きな危機に直面しているとしている。
第一の危機は、抗菌薬が効かない薬剤耐性菌の蔓延による肺炎などの感染症死亡者が急増していることであり、今やほとんどの病原菌で抗菌薬が効かない薬剤耐性菌が発生・蔓延し、薬剤耐性菌だらけになっているとしている。イギリスの研究グループの調査によると、現在の状態が改められなければ、２０５０年には薬剤耐性菌による世界の死亡者数は年間１０００万人に達すると予想されており、現在世界中で年間８８０万人と推定されているガンによる死亡者数を上回ることになるのだそうだ。
第二の危機は、アレルギー、肥満、喘息、潰瘍性大腸炎などの患者数が急増しており、その増加にストップがかからなくなっていることで、しかも、この二つの危機の原因には実は密接な関係があり、それは、多くの悪玉菌だけでなく、同時にヒトと共生している善玉菌の方も巻き添えを食らって殺滅・追放されている抗菌薬の見境のない乱用にあるとしているのだ。
筆者は、近年は新しい抗菌薬の開発が非常に難しくなっており、我々はヒトの感染症に有効な治療薬となる化学物質の種類にも限りがあることを認識すべきだとし、抗菌薬や消毒薬をむやみやたらに使用して微生物と対決することは、最悪の方法であるということを理解していただければ、本書を執筆した目的の半ばは達成されたことになるとしている。
筆者はまず第１章で、全ての抗菌薬の問題は、耐性菌が現れるかどうかではなく、耐性菌が多くなるまでの時間が長いか、短いかということであるとし、耐性菌が現れないような抗菌薬は将来も出現せず、効果を長持ちさせるためにも抗菌薬は慎重に使用しなければならないことなどを明らかにしたうえで、細菌が抗菌薬を無力化するメカニズム、細菌が薬剤耐性遺伝子を獲得するに至る仕組み、さらには、そもそもその薬剤耐性遺伝子の元々の供給源は何か、また、人災とも言える抗菌薬の乱用の実態、抗菌薬の効果を取り戻す方法、薬剤耐性ウイルスの問題などについて論じている。
続く第２章では、共生微生物が病原菌による感染・発症を抑えており、その多様性が失われると、肥満、潰瘍性腸疾患、クローン病、喘息などのアレルギー疾患、自閉症が引き起こされる一因となることなど、共生微生物の重要性をさまざまな観点や事例から説き起こしていっている。
第３章では消化器感染症（食中毒）、呼吸器感染症、性感染症、神経系感染症、胎児に先天的奇形を起こす感染症、エマージング（新興または再興）感染症について、感染原因・症状・病原微生物・予防対策・治療方法などを、第４章ではガン、動脈硬化、慢性関節リウマチなどの自己免疫病と微生物感染との関係や発症に至るメカニズムなどを、それぞれ論じている。
ちなみに、第２章と第４章で取り上げている病気の中には、素人には抗菌薬や微生物との関係性がにわかには信じがたい病気もあるのだが、実際、第２章の各病気の解説を読んでみると、筆者自身も「これまで…間接的な証拠を紹介してきました」（９１ページ）と認めているように、たとえば、患者には共生微生物の種類が少ないとか、統計学的なデータ解析や動物実験の結果であったりといった間接的な証拠を羅列しており、したがって、発症に至るメカニズムもまだ仮説段階のようで、いくつかの仮説の中から代表的な仮説を紹介している。第４章の一部の微生物感染とガン、微生物感染と動脈硬化や慢性関節リウマチについても同様に、関係の疑いや推測という段階のようだ。
なお、本書は三瀬氏と山内氏の共著本とされているものの、本書中の何ヶ所かでは常に「筆者（三瀬）」と表記されており、山内氏の役割分担が見えてこなかったのだが、三瀬氏執筆の『おわりに』によると、山内氏は、全体的な構成や校閲及びウイルス分野の執筆を担当したのだそうだ。
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