22世紀、人類は地球から遠く離れたパンドラで＜アバター計画＞に着手していた。この星の先住民ナヴィと人間のDNAを組み合わせた肉体＜アバター＞を創ることで、 有毒な大気の問題をクリアし、莫大な利益をもたらす鉱物を採掘しようというのだ。この計画に参加した元兵士ジェイクは車椅子の身だったが、＜アバター＞を得て体の自由を取り戻す。 パンドラの地に降り立ち、ナヴィの族長の娘ネイティリと恋に落ちるジェイク。しかし彼はパンドラの生命を脅かす任務に疑問を抱き、この星の運命を決する選択を強いられていく……。