ネギが表紙の「ストーリーSIDE」と明日菜が表紙の「キャラクターSIDE」の2冊がセットになっています。この2冊がケースに入っているのですが、ケースがピッタリサイズで、ピッタリなのにそれほど取り出しにくくもないといういいバランスになっています。
ストーリーSIDEには,1時間目から168時間目までのストーリー中のエピソードや設定が、他のエピソードとどのように関連しているのかが書かれています。また、この場面ではすでにこんな人物やこんなアイテムが登場していて、それはここにつながっているのです、といったことが書かれたりしています。
1時間目に登場した高畑先生の指にはめられている指輪は、実は魔法の発動体で、魔法先生であることの示唆になっているそうですよ。しかし、この指輪に気付いていた読者がいたとしても、指輪が魔法の発動体になるということは92時間目まで分からなかったはずでは・・・。こんなレベルの「気付きづらい」設定が、山ほど解説してあります。
また、その後ろには「赤松健&スタッフインタビュー」と「初公開 設定資料集 ストーリーSIDE 『ネギま!』ができるまで」が載っています。
キャラクターSIDEは、クラスメート達やその他の主要キャラクターの人物設定が書かれています。その後には「魔法解説」「仮契約・パクティオーカード・アーティファクト便覧」「武術総覧」の他にストーリーSIDEと同じく「赤松健&スタッフインタビュー」と「初公開 設定資料集 キャラクターSIDE 『ネギま!』ができるまで」が載っています。欲を言えば個人的にかなり気になっている弐集院先生のキャラクター解説も欲しかったです。「その始動キー変えたほうがいいですよ」って突っ込まれてる魔法先生、絶対いい人なんだろうなぁ。