時間城の海賊(79・80・81話・停車駅はヘビーメルダー。停車時間は1週間と24分)は、3週にわたり放送された。7・8話・重力の底の墓場(初の前後編)に登場したリューズの姉・レリューズが登場する(姉妹揃って時間を操る能力を身に付けている)。レリューズは偽ハーロックに憧れ、街の酒場でギターを弾き、偽ハーロックに好意を抱くが、ハーロックが偽物と判り、時間城の自滅装置を作動させる。この時、レリューズは鉄郎を見て人間らしく死にたいという決意をする。偽ハーロックは、ハーロックの名を騙る割には、メーテルに対して恐れを成すほど情けない。メーテルに対しては最後まで男らしく闘う勇気もなく、しかも追い詰められるとメーテルに許しを乞う(メーテルはこの時偽ハーロックに「情けないこと」と言っている)ほか、鉄郎に撃たれそうになると、レリューズを盾にする。そして、ハーロックの名を騙って卑劣な自分の姿を隠そうとする、浅ましい機械人間で、メーテル曰く卑怯者である。最後には防弾ガラスを出して、レリューズとタイムカプセルで時間の中へ逃げようとするが、レリューズが自滅装置を作動させたことによって、体が錆び付き滅びる。キャプテン・ハーロックは、マントで顔を隠している(エンディング表記ではマントの男と表記されている。鉄郎はヘビーメルダーを飛び立つアルカディア号を見て、マントの男がキャプテン・ハーロックと判る。キャプテン・ハーロックの登場はこの時間城の海賊のみ)。持っている銃は鉄郎と同じく、宇宙戦士の銃・コスモガンである(コスモガンは宇宙に4丁しか無い。エメラルダスも持っている)。キャプテン・ハーロックは、ヘビーメルダーでは鉄郎を影から見守っていた。79話の前編で鉄郎が2人組のサングラスの男に喧嘩を売られ、撃ち合いになるが、ハーロックは鉄郎を援護する(2人目を撃ったのはハーロック)。80話の中編では、メーテルを捜しに時間城の場所を酒場の主人に聞く鉄郎を笑う客たちに対し、ハーロックは「行かせてやれ」と言う。総集編でも一部使用されている(前・後編の一部)。時間城は劇場版では機械伯爵の居城だが、こちらは偽ハーロックの居城となっている。
82話・短かな生命の物語からは、別作品に収録されている話が多い(86話・親知らず星のUFO、89話・ガンマン哀歌(えれじい)はアニメオリジナル)。単行本に収録されているのは水の国のシャイアン(75・76話。原作は前編にあたる。後編はアニメオリジナル)、喰命聖女、時間城の海賊、アンドロメダの雪女(90・91話)である。
雨の都と同じく、ずっと雨が降っている雨ヶ池(77・78話・喰命聖女)では、鉄郎は泥のメーテルのことを思い出す。
キャプテン・ハーロックの台詞は、銀河の掟を教える感じだ。是非聞いて欲しい。