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こうした生物学のデータベースや研究文献は猛烈な勢いで増え続けている。いくら熱心な研究者でも、必要な情報を自由に入手・利用するにはコンピュータベースのツールに頼らざるを得ない。そういうツールを構築することが、バイオインフォマティクスなのだ。
『Developing Bioinformatics Computer Skills』は、コンピュータを用いた生物学研究法をこれから学ぼうという科学者、学生はもちろん、今後のデータ処理にコンピュータを使いたいというベテランの生物学者にもうってつけの1冊。UNIXファイルシステムの概説をはじめ、バイオインフォマティクスのツールとデータベースの構築、コンピュータを使った生物学諸問題へのアプローチ、バイオインフォマティクスのためのPerl言語入門、データマイニング、データの視覚化など、非常に充実した内容になっている。
著者の語り口も明快かつ魅力的だ。本書があれば、生物学データとその解析に必要なツールを体系的に使いこなす力が身につくだろう。 --このテキストは、 ペーパーバック 版に関連付けられています。
著者の2人は、米国でバイオインフォマティクスを教える助教授と、博士課程の学生。「バイオインフォマティシャンは、エレガントなアルゴリズムを発見するのではなく、問題を解決するためのツールの構築者」とは、彼らの言葉だ。
本書ではLinuxを中心としたUnixによるPC設定が研究に必要だとし、その環境設定方法に全体の1/3を割いている。Linuxでは計算生物学のツールが豊富だからだ。ただし、読者にOSを詳細に理解させようとするのではなく、その環境でいかにツールをうまく作動させるかを説く。残り2/3でバイオインフォマティクスツールの効率的な利用法解説に入るという構成だ。
(日経バイオビジネス 2002/04/01 Copyright©2001 日経BP企画..All rights reserved.)
-- 日経BP企画
登録情報
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あくまで実践的でリナックスのインストールの仕方や簡単なコマンドまで載っている。他に、役立つウェブサイトや、ソフトの使い方、特徴などの説明が多い。読み物としてはまったくつまらないもので、コンピューターの前で格闘しながらマニュアル的に使うのがよいであろう。ncbiのホームページの使い方など、正直分子生物学の実験をしている人には常識となっているようなことが多い。だが、背景となっている理論抜きに実際に使うときの注意点を述べるなど、数学やコンピューターが嫌いな生物学者には適切なアドバイスが期待できる。
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