幕末から明治へと時代が変わり行く中で、隠れ切支丹が現れます。宣教師たちの努力によって、隠れ切支丹たちは、今までの隠れた生活から、次第に公に信仰を表すようになっていきました。
そんななか、切支丹の中に清吉という一人の若者がいました。この彼を愛したキク。ところが、この清吉は切支丹迫害によって苦しめられてしまいます。なんとかして、彼を苦しみから助けたいと願うキクは、下級役人の伊藤に嘆願します。しかし、この伊藤がキクを・・・。
キリスト教に反感を抱きながら、聖母マリアに訴えるキクの姿。切支丹を拷問し、非常ともいえる仕打ちをキクに与えていきながらも、自らの罪に苦悶していく伊藤・・・・。
人の深い心の姿を描きつつ、信仰とは何か、愛するとは何か、そして神は何をしているのか。多くの思いを起こさせながら、物語は進んでいく。