※以下「DS文学全集」(任天堂)を「全集」、「日本文学100選」(スパイク)を「100選」と表記します。
結論から言ってしまえば、総合的に見て「全集」の方が良いように思います。まず両方にある「あらすじ」と「しおり」機能ですが
「全集」はあらすじからその該当するページへ飛べ(その逆も可)、しおりも1冊につき4枚(内1枚はあらすじ用)ですが
「100選」では飛ぶ機能は無く、しおりも全体で10枚までです。(但し、セーブデータは4つあるので家族向けなのなのかも…)
次に決定的な相違点としてWi-Fiに対応しているかどうかですが、「100選」の方は非対応なので拡張性がありませんが、
「全集」では対応していて配信されたものをダウンロードして保存でき(HPによると20冊前後、現代作家の配信予定もあり)、
集計結果を利用して気分に合わせた本を探したりもできるので、もしWi-Fi環境下にあるなら「DS文学全集」の方をおすすめします。
逆にそういう環境下にないのであれば、こちらの「日本文学100選」を選ぶのも面白いと思います。
実は両者の間には選本の基準に違いがあるようで「100選」には小説だけでなく詩(集)もあって「石川啄木や中原中也、北原白秋、与謝野晶子、宮沢賢治の雨ニモマケズ」などが入っていたり、現在文豪とされる人達の他の文豪に対する評論なんかがあったりして、当時の人間関係や生活が垣間見えるようで読んでいて興味深いのですが、それらは全て「全集」の方には収録されていません。(ちなみに数えてみたら両方に共通の作品は48編+1編でした、つまり半数以上はそれぞれ別の作品を収録)
また読了想定時間が表記されてる点が良く、1つ読破する度にもう1つ追加(30編まで)される点も良いです。なんだかご褒美もらってるみたいで(笑)